استنكرت الكنائس المصرية الثلاثة تصريحات الدكتور خيرت الشاطر والتى قال فيها إن المتواجدين امام الاتحادية هم الاقباط واعتبرت الكنائس هذه التصريحات محاولة لاشعال الفتنة الطائفية فى مصر خاصة مع علم جماعة الاخوان المسلمين إن المتواجدين امام الاتحادية هم مصريين من كل الطوائف والاتجاهات ومشاركة الاقباط ليست بالدرجة التى يتم تصويرها فى وسائل الاعلام الاسلامية مؤكدين إنها مشاركة فردية كل انسان مصرى مسيحى له الحق فى حرية التعبير عن رأيه والكنيسة لا تتدخل فى الامر وليس لها شأن فى السياسة
فقال الانبا مرقس اسقف شبرا الخيمة إن هذه التصريحات ليس لها أى اساس من الصحة فالجميع يعلم ان القوى السياسية المدنية هى التى تحشد جموع الشعب المصرى لرفض الاستفتاء على الدستور وهى التى تصرح وتعلن بذلك من خلال مؤتمرات صحفية تذيعها وتنشرها كل وسائل الاعلام المصرية والعالمية ولم تقم الكنيسة منذ بداية الاحداث لا بالتصريح ولا بالتعليق على ما يحدث سوى الدعوة للصلاة ونبذ العنف والاتجاه الى الحكمة فى الحوار وأعتبر الانبا مرقس هذه التصريحات من شأنها اشعال الفتنة الطائفية فى مصر
وقال الدكتور صفوت البياضى رئيس الطائفة الانجيلية فى مصر كيف ميز الدكتور خيرت الشاطر بين المسيحيين والمسلمين المشاركين فى المظاهرات فالهتافات ولا حتى الشكل كان مسيحى فمعظم المشاركين من السيدات كانوا محجبين فكيف عرف من الرجال انهم مسيحيين إلا أذا كانت لديه قدرة تميزية هائلة خارقة للطبيعة